Garden har historie heilt attende til minst tidleg på 1500-talet.

I 1520 var skrivemåten Klonnes og Klognes, i 1594 berre Klognes, og i 1604 Klungnes. I matrikkel frå 1668 vart det atter Klongnes, og matrikkel fra 1723 Klognes. Det blir sagt at fyrste skrivemåten har vore Klungrness eller Klungraness, som kjem av klunger eller nypetorn, og etter det viser namnet truleg attende til fyrste ryddinga av garden.

Eigedomen var fra gammalt ein stor jordbrukseigedom etter tilhøva i Vågå, med ei samla skyld på 2 huder, 6 skinn og 18 mrk. fisk. Om lag halvparten var odelsgods og resten var krongods, det vil seie benifisert gods som var bygsla av eigaren og brukaren på garden.

Frå 1680 finst det oversikt over eigarar og drift fram til nåtid, med ymse takster, skjønn og dramatiske endringar.

I 1789, 21. og 22. juli førde flaumen ”Storofsen” til omfattande skader på jordveg, bygningar og område. Det er vurdert at halve verdien av garden gjekk tapt den gongen, og det var ei vanskeleg tid framover.

I 1859 byrja ei storheitstid på Klones. Det starta med at to engelskmenn, Eardley John Blackwell frå Richmond i Midt-England og Theodore Rathbone frå Liverpool, ”oppdaga” Jotunheimen omkring 1850. Dei treftest som studentar ved Trinity College i Cambridge, og var overklassefolk.
Mest heldt dei til ved Gjende og fjella i kring, og dei var 19 år fyrstesommaren. Dei vart kjende med Jo Gjende (Jo Tjøstolvson Kleppe) og heldt mykje hus i den årvesle bua han hadde ved Gjendeosen. Det gjekk mykje i jakt og fiske. Etter kvart vart Blackwell gift med gift med Mari f. Sve. Dei kjøpte Klones i 1859 på auksjon for 5.500 riksdalar, og det vart ei velstandstid og vidaare oppbygging av gard og hus.

Ein annan litt kuriøs sak Blackwell hadde fore, var at han faktisk tok inn kanskje dei første ståande fuglehundane som kom til Noreg, og vart brukt til lirype- og skogsfugljakt. Det var av rasen gordonsetter, og kom til Klones rundt 1860.

Blackwell døydde i 1866 berre 34 år gammal. Men testament var ordna, så pengestraumen frå England heldt fram. Eldste dottera Elisabeth arva alt i England, og den andre, Kari, arva Klones. Den planlagte hovudbygningen, som vert kalla det i dag og, vart påbegynt i 1867, og ferdig med påbygg i fløyer i 1873.

I 1895 overtok Kari f. Blackwell og ektemann godseigar Jonathan Julius Års Fabritius Klones. Garden heldt fram å vera eit kultursentrum i Vågå, slik han hadde vore frå 1860. Mykje kunstnarånd låg i Klones-livet framover. Mange gjesta garden og vertskapet. Det kan nemnast namn som Kristen Holbø, Nils Gustav Wentsel, Halfdan Egedius. I salane på Klones hekk kjente verk som ”Seljefløyten” av Christian Skredsvik, ”Aften i Eggedal” av Gerhardt Munthe. Vidare var det verk av enfgelskmannen Lawrens, tyskeren Lenbach, og dansken Creyer. Det fanst framskåp av Jakup Sæterdalen, og to etter Skjåk-Ola.
Kari døydde brått før fylte 40 år i ca 1899, og etterlet mannen og dottera Marit. Marit Fabritius, f. 1890, var hoffdame hjå dronning Maud fram til 1914, da 1. verdenskrig braut ut. Kontakta med kongefamilien stod ved lag livet ut. Ho vart gift med den engelske marinekapteinen Victor Campbell. Dei reiste verda rundt og åtte blant anna eit storgods på Ny Foundland. I Norge var ho mykje ved Gjendeosen, og arva blant anna bua etter Jo Gjende, og dei to gamle Klonesbuene like attmed. På sine eldre dagar budde ho på Sve i Vågå, der oldefaren Tor Anderson Sve kom frå, og døydde i 1975.

Da kona Mari døydde frå Fabritius i 1899, gifta han seg etter kvart med ei frøken Jensen frå Christiania. I 1911, fem år før Fabritius døydde, vart storparten av det prektige innbuet på Klones sendt åt Christiania, og seld på auksjon. Det vart seld måleri av Arbo, Anker, Askevold, Bergslien, Barlag, Egenes, Fernley, Gørbits, Gløersen, professor Hans Gude, Anton Graff, Holmboe, Creyer, Vincent Lerke, Ludvig Munthe, Gerhard Munthe, Morten Myller, L. Nordberg, Eiliv Petersen, professor Schleisner, professor Otto Sinding, Statskleiv, Carl Schøyen, Skredsvig, Antonio Salinos, Eyolf Soot, Frits Thaulow, Turmann, Værenskiold, Wentsel og Edvard Young.  Likeså framskåpa. Til sist kom garden under hammaren. Ein skipsreiar Fearnley frå Oslo fekk tilslaget, men Vågå kommune nytta forkjøpsretten sin. Dermed var garden berga for bygda og det som seinare kom. Det var ein lei kombinasjon at alt dette skjedde midt under fyrste verdskrig, og mykje vart ekstra forringa som følgje av det.

I 1919 flytte ”NordreGudbrandsdalens Landbruks- og Husmorskole” inn på garden. Sidan har det vore skule og landbruksdrift på Klones samanhengjande, dei siste 2 åra som ”avdeling Klones” under Nord-Gudbrandsdal vidaregåande skule. Oppland fylkeskommune har vore eigar av Klones ein lengre periode. Frå og med 01.04. 2005 er selskapet Klones AS, stifta av Vågå kommune same år, eigar og drivar av eigedomen. Det er fortsatt skule gjennom leigeavtale med Oppland fylkeskomune. Gardsdrifta er bortforpakta på langsiktig kontrakt, og det er fortsatt ku/mjølkeproduksjon, gris og sau på anlegget.